Всего я нащитал 13 самых распространеных студий
Bones ( Кости )
CLAMP ( КЛАМП )
GONZO Digimation ( ГОНЗО )
Gainax ( Гайнакс | Огромный Икс )
J.C. Staff ( Джей Си Сутаффу )
Madhouse ( Сумасшедший дом )
Production I.G
Studio 4°C ( Studio 4°C )
Studio Deen
Studio Ghibli ( Студия Гибли )
Studio Pierrot
Tatsunoko Production ( Тацуноко )
Toei Animation ( Toei )
из зих самымы популярными(известными) являются первые три.Я более чем уверен , что их знает каждый уважающий себя анимешник.
Так что я расскажу о них:
Bones (яп. ボンズ Бондзу?) — японская аниме-студия. Заметна такими сериалами, как «RahXephon», «Волчий дождь», «Scrapped Princess», «Eureka Seven», «Angelic Layer», «Fullmetal Alchemist» и «Ouran High School Host Club». «Bones» основали сотрудники компании «Sunrise» — Масахико Минами, Кодзи Оусака и Тосихиро Кавамото, в октябре 1998 года. Одним из первых проектов студии была совместная с «Sunrise» работа над фильмом «Cowboy Bebop: Knockin' on Heaven's Door», базирующимся на аниме-сериале «Cowboy Bebop». «Bones» основали сотрудники компании «Sunrise» — Масахико Минами, Кодзи Оусака и Тосихиро Кавамото, в октябре 1998 года. Одним из первых проектов студии была совместная с «Sunrise» работа над фильмом «Cowboy Bebop: Knockin' on Heaven's Door», базирующимся на аниме-сериале «Cowboy Bebop».
CLAMP (Кламп) — группа женщин-мангак. Большая часть выпущенной ими манги была экранизирована в аниме(вот наиболее известные: X,xxxHOLiC,Чобиты,Code Geass: Lelouch of the Rebellion(совместная работа),).руппа основана в 1989 году и изначально состояла из 12-ти человек и являлась додзинси-группой. Членами CLAMP являлись: Тамаё Акияма, Соуси Хисаги, О-Кён, Кадзуэ Накамори, Иноуэ Юдзуру, Сэй Нанао, Синя Оми и Лиза Сэй.
GONZO Digimation» — японская аниме-студия и родительская компания холдинга «GDH» («Gonzo Digimation Holding»). Студию часто ругают за аниме сериалы, в которых концовка не соответствует манге.Сентябрь 1992 г. — Основана компания «GONZO Inc.».вот список наиболее известных аниме:
Ноябрь 2006 г. - Afro Samurai.Апрель 2006 г. - Witchblade.Апрель 2005 г. — Trinity Blood.Апрель 2005 г— Basilisk : Kouga ninja scrolls.Июнь 2004 г. — Samurai 7.Апрель 2004 г. — GANTZ.Ноябрь 2003 г. — Chrno Crusade.нварь 2002 г. — Full Metal Panic!.Октябрь 2001 г. — Hellsing
Так теперь отдельно. Есть студии неособо известные, но значимые:
Studio Ghibli(Студия Гибли) 
Именно эта студия занимается работами Миядзаки.Словом "ghibli" (в японском произносится "дзибли", правильное русское произношение - "гибли") в Ливии обозначают обжигающе-горячий ветер, дующий летом из пустыни Сахара. Во времена Второй мировой войны так назывался самолет итальянской компании "Caproni aeronautica Bergamasca" модели Ca.309 "Ghibli", предназначенный для войны в Африке. Именно поэтому Миядзаки Хаяо, большой любитель авиации и Средиземноморья, а также поклонник творчества французского писателя и пилота Антуана де Сент-Экзюпери, использовал слово "ghibli" для названия своей студии.Основной костяк студии составили сотрудники студии "Topcraft", ранее работавшей как субподрядчик американской студии "Rankin-Bass", а потом нанятой Миядзаки и Такахатой для создания фильма "Навсикая из Долины Ветров". Президент "Topcraft", Хара Тору, до 1991 года был президентом "Studio Ghibli".
Вот список их произведений:Небесный замок Лапута.Навсикая из Долины Ветров."Наш сосед Тоторо", "Ведьмина служба доставки", "Порко Россо", "Принцесса-мононокэ", "Сэн и Тихиро, унесенные духами" ."Могила светлячков", "Сочащиеся воспоминания", "Война тануки в периоды Хэйсэй и Помпоко", "Чирик-чирик, наши соседи - семья Ямада".
Так на этом незакончим
А ктоже выпустил всем известные аниме Naruto и Bleach. Вы наверняка заметили что у них много общего.Так вот это Студия: Studio Pierrot.
Название студии "Studio Pierrot" происходит от имени знаменитого французского писателя-сказочника Шарля Перро.
Компания "Studio Pierrot Co., Ltd" была основана 7 мая 1979 года в Токио. Ее основателем и бессменным руководителем является Нунокава Юдзи (р. 11.02.1947, Ямагата), до этого работавший аниматором и режиссером на студиях "Houei Production", "Mushi Productions" (студии Тэдзуки Осаму), "Studio Jack" и "Tatsunoko Production". На последней из них он работал с 1973 по 1979 год.
Одновременно с Нунокавой в новую студию из "Tatsunoko Production" перешел также молодой режиссер Осии Мамору.
Первоначально "Studio Pierrot" создавалась как студия для производства качественных ТВ-сериалов. Их первой работой стал ТВ-сериал Осии "Чудесное путешествие Нильса" [Nills no Fushigi na Tabi] (1979-1980), созданный по мотивам сказки Сельмы Лагерлёф.Также "Studio Pierrot" создала такие ТВ-сериалы, как "Капризы Апельсиновой улицы", "Отчет о буйстве духов" [Yuu Yuu Hakusho] (1992-1994), "Танственная игра", "Нинку" [Ninku] (1995-1996), "Ака-тян и я" [Aka-chan to Boku] (1996-1997), "Гиперполиция", "Детективы академии КЛАМП", "Пламя Рэкки" [Rekka no Honou] (1997-1998), "Волшебная сцена Классной Лалы" [Mahou no Stage Fancy Lala] (1998), "Неоранга - дух южного моря" [Nankai Kio Neoranga] (1998, 1999), "Ёйко" [Yoiko] (1998-1999), "Я стану ангелом!", "ВУО (Великий учитель Онидзука)" [GTO (Great Teacher Onizuka)] (1999-2000), "Подозрительная Церера" [Ayashi no Ceres] (2000), "Вымышленная история Сунь Укуна" [Gensou Maden Saiyuki]
ню также хочу выделить пару студий:Madhouse Studios,Milky,Toei Animation.
Все аниме студий выбирал по свему принцыпу. Так что не факт , что именно они самые популярные.Эт личный взгляд.
Статья написанна мной, но с использованием википедии.
Для особо придирчивых извиняюсь за не грамотность, виновен.
P.S.
модератор данного блока, если чтото нетак сообщи в личку поправлю. 