Российский исследовательский комплекс Нерв.
На российской базе Мари проходит успешную синхронизацию с кибернетической Евой-5, разработанной в русском подразделении Нерв. Место действия - запутанная сеть подземных туннелей. Не совсем понятно, где именно находится комплекс: то ли на водной платформе то ли просто на побережье. Вообще, первые несколько минут фильма очень перегружены событиями, речь идёт на трёх языках (японском, русском и английском). Оказывается, что на базе находился зародыш Адама (именно поэтому червь напал на комплекс). Контейнер, с Адамом забирает Кадзи Рёдзи и улетает на самолёте, предоставляя Мари сражаться с ангелом, к сожалению всё очень скоротечно, все сцены с Евой-5 занимают от силы 2-3 минуты. В жёстком сражении с Червём Ева получает критические повреждения, Мари включает систему самоликвидации, в последний момент, успев катапультироваться. Комплекс взрывается вместе с Чёрвём и Евой. Мари выглядывает из плавающей в море капсулы, у неё почти нет травм, только подбит правый глаз.
   Остаётся неизвестным кто Мари по национальности в фильме она говорит только по-английски и японски и внешность у неё скорее европейская.
   
   Червь пробивает защитный периментр базы.

   Активация Евы-05

   Русские танки в туннелях безуспешно пытаются остановить Червя.

   Мари в кресле пилота во время сражения с чёрвём.

Кладбище, Окраина Токио-3
   Насколько хватает глаз простирается огромное поле столбиков, прах десятков тысяч людей, погибших во время Второго Удара покоится здесь.
   В годовщину смерти Юи Икари, Гендо и Синдзи возлагают цветы на её могилу. Диалог практически повторяет сцены из оригинального сериала. Гендо говорит Синдзи, что могила всего лишь символ, тела его матери здесь нет.
   

   Гендо садиться на самолёт.

Основная транспортная магистраль Нерв
   Синдзи едет на машине с Мисато, он выглядит подавленным после холодной беседы с отцом. Синдзи явно ревнует к Рей, к которой у Икари гораздо больше чувств, чем к родному сыну. Мисато пытается его ободрить, но тут взрыв отбрасывает машину на обочину. Появился ангел, которого прозвали Песочные Часы. На самом деле это вариация на тему Матариеля, ангела Паука. Он идёт по морю и каждый шаг его паучьих лап отзывается хрустом льда, в который превращается красная вода. Корабли береговой охраны безуспешно пытаются остановить пришельца. Но битва даже не успевает разгореться, потому что с самолёта сбрасывают Еву-2, вооружённую плазменным арбалетом, который может трансформироваться штык нож. Матариель показывает способности к трансформации и регенерации, но Аска разделывается с незадачливым ангелом за пару минут, сокрушив ядро своим фирменным ударом ногой.
   

   Аска десантируется с самолёта.

Не успев вылезти из Евангелиона, Аска заявляет, что её Ева-02 более совершенная модель, в то время как 00 и 01 всего лишь тестовые машины. Слегка ошалевший Синдзи поражён способностями Аски. Рей не проявляет к Аске особого интереса, что ту несколько задевает.

   Кадзи передаёт контейнер с Адамом Гендо. В фильме виден и сам зародыш, он выглядит как сосудистая сеть ещё не сформировавшегося эмбриона, подсоединённого к какой-то кибернетической системе. Гендо называет эмбрион ключом бога.

Позже, тот же день. Квартира Мисато.
   Синдзи возвращается домой только чтобы увидеть, что вся его квартира захламлена коробками из Германии. Аска относится к Синдзи пренебрежительно, считая, что его нежелание пилотировать Еву оскорбительно для всех других пилотов. Аска не в восторге жить вместе с Синдзи, но Мисато объясняет, что они живут вместе потому, что Аске надо совершенствовать японский, а Синдзи больше общаться. Хватает фенсервисных сцен, например Аска пугается Пен-Пена точно так же как и Синдзи выбегает полностью голая в гостиную. Заметив, что Синдзи увидел её обнажённой, она набрасывается на него с кулаками.

На следующий день
   Кадзи навещает своих бывших подруг: Рицуко и, конечно же, Мисато. А также приглашает всех в Аквапарк. Вся вода после Второго Удара превратилась в красную жидкость и вся экосистема Океанов оказалась уничтожена. В аквапарке осталось то немногое, что удалось сохранить. Очень забавно выглядит, как нашим героям приходится пройти обработку чтобы войти внутрь. В Аквапарке Синдзи говорит Рей, что ему жаль рыб, которые обречены жить в неволе. На что Рей отвечает, что только так они могут выжить. А потом после паузы добавляет: “Так же как и люди”.
   На пикнике Рей отказывается есть мясо, а Аска читает ей нотацию о том, что чтобы один жил, другой должен умереть и это закон жизни. Тодзи забирает у Рей обенто (обед в коробке) и убегает, преследуемый Пен-Пеном, которому явно хочется попробовать содержимое. Синдзи наливает Рей суп мисо, который изготовлен из сои и овощей, и она благодарит его.
   Ночью после Аквапарка Синдзи одиноко, он пытается позвонить отцу, но тот не отвечает. Аска сидит в соседней комнате одевает на руку куклу и говорит с ней, что она должна быть лучше всех.

Луна
   Мы видим командующего Икари на Лунной базе Нерв, где он обсуждает с Фьюцеки последние этапы сборки Евы-6 и его пилота Каору, осторожно выглядывая в иллюминатор. Табрис сидит на пальцах руки Евы-6, разглядывая землю, хотя вокруг вакуум лунного пространства он одет так же, как мы запомнили его в первом фильме: простая рубашка и штаны. Он поворачивается к Гендо и говорит: «Здравствуй – отец». Мы слышим его, несмотря на вакуум вокруг.

   Заканчивается сборка Евы 6 на луне.

Космос
   Вскоре сенсоры обнаруживают нового ангела в виде чёрного шара, падающего из космоса. Это Сахакиель, точка падения Токио-3, и осталось всего несколько часов до катастрофы. Системы космической обороны наносят массивные удары ракетами N2, но АТ поле Ангела слишком сильно.

   Массивные удары N2-бомб не могут причинить вреда Сахакиелю. Примечательно, что в трейлере в этой сцене намного больше АТ-полей от ударов, так что они полностью заслоняют Ангела.

Токио-3
   Городу отдан приказ об эвакуации и небо становиться чёрным от вертолетов, а море от кораблей, которые вывозят население целого города. Так как с командующим не удаётся связаться, Мисато приходит к идее остановить Ангела разворачиванием АТ-полей всех трёх Евангелионов. Аска настаивает, что она справится одна и остальные Евы будут ей только мешать, но Мисато резко одёргивает её, напоминая, что для того чтобы выжить, им понадобятся силы всех трёх Евангелионов.
   

   Объявлена всеобщая эвакуация.

Позже в тот же день
   Ангел падает и все три Евы отчаянно бегут по опустевшему Токио-3, чтобы его остановить. Первым успевает Синдзи, но он один не может удержать силу ангела даже с полностью раскрытым АТ-полем. Ангел трансформируется из черного шара сложной структуры, он принимает облик более знакомый нам по сериалу: три огромных глаза, из центрального глаза появляется фигура с лапами-пиками. Под великолепную хоровую музыку пики пронзают ладони Евы-1. Синдзи кричит от боли, когда из-за отката Евы достаётся и его настоящим рукам. Остальные Евангелионы успевают вовремя, и всем вместе им удается пронзить ядро ангела за секунды до деактивации батарей. Ангел распадается в ЛСЛ, а с Токио-3, наконец, связывается Гендо, он уже на орбите земли. Он благодарит Мисато за отличную работу, а также звонит Синдзи и говорит, что гордится им.

 

Евангелионы отчаянно пытаются успеть к месту падения ангела.

   Удар Аски сокрушает ядро ангела.

   Огромное количество ЛСЛ, в которое превратился ангел после смерти, стекает с гор, сокрушая здания Токио-3.

Ночью
   Аска понимает, что несмотря ни на что, не может жить совсем одна. Они проходит в комнату Синдзи, заваленную её коробками с вещами и ложится рядом с ним на краешек одеяла. Мужество Синдзи, когда он держал ангела с пронзёнными руками, произвело на Аску впечатление. Аска и Синдзи говорят о том почему каждый из них пилотирует Еву. Синдзи говорит, что он делает это ради других: Мисато, своего отца. Аска называет его дураком но уже без энтузиазма по инерции. Аска признается, что она пилотирует Еву ради себя самой. Они оба засыпают рядом.

Следующие несколько дней
   Синдзи угощает Рей обедом, а Аска пытается найти общий язык с одноклассниками. Чтобы собраться с мыслями, Синдзи поднимается на крышу школы, он вспоминает похвалу отца после победы над ангелом. Внезапно на крышу школы приземляется Мари на парашюте, сцена изобилует фансервисом.
   

   Что-то выдавало в Мари шпионку, может быть характерный акцент, может изящные очки, а может волочившийся за спиной парашют.

Мари говорит, что Синдзи пахнет ЛСЛ и ей нравится этот запах, потом она связывается с кем-то телефону (очевидно Кадзи) и говорит на чистом английском, что при высадке на территорию Японии её немного отнесло от намеченной цели.
   Следующие несколько дней отношения Рей и Аски к Синдзи меняются, каждая по-своему пытается ему понравиться. Дело доходит даже до выяснения отношений в лифте. Аска спрашивает Рей о том, что она испытывает к Синдзи. Рей говорит, что не знает, но потом добавляет, что когда Синдзи рядом, у неё часто бьётся сердце и ей хочется чтобы Синдзи испытывал то же когда он рядом с ней. Аска пытается влепить, Рей пощечину, но та перехватывает её руку.

Позже космическое пространство
   Над территорией Северной Америки разливается клякса аномалии, напоминающая Второй Удар, но в меньших масштабах. Анализ данных показал, что источником взрыва стала Ева-4. На срочном совещании с SEELE принято решение законсервироваться Еву-2 из опасений, что с ней может произойти то же самое, так как вторая Ева собрана по тому же проекту, что и четвёртая. Разумеется, Аска не в восторге от такого поворота событий. Примечательно: если в сериале упоминалось, что на четвёртую Еву установят орган S2 извлеченный из второго ангела, то в фильме этого нет.

Несколько дней спустя
   Для поддержки боеспособности Токио-3 из США прибывает Ева-3 и все в предвкушении кто же станет пилотом.

   Тодзи смотрит на фотографию сестрёнки.

   Тодзи бросает мяч в корзину.

   Всё вроде бы указывает на Тодзи, но, оказывается, он всего лишь беспокоился о своей сестренке в больнице, которая, наконец, поправилась. Управлять третьей Евой берётся Аска, в качестве компенсации за замороженную Еву-2.
   Эксперимент решают провести в отдалении от Токио-3 и не зря: при активации выясняется, что в Еву вселился Ангел. Ангел заражает все структуры Евы и поглощает Аску в контактной капсуле. Синдзи пытается вступить в бой, но не может, опасаясь навредить Аске.

   Тревога в испытательном полигоне.

   Ангел заражает кабину Евы-03

Сражение Евы-01 и Евы-03

Гендо переключается систему на Dummu Plug, и первый юнит разрывает третью еву на куски. Примечательно, что сцена во многом повторяет знаменитую сцену удушения Аски из последней части The End of Evangelion, контактную капсулу Ева-01 просто сжирает вместе с остатками ангела и Аской внутри.

Квартира Рей
   

   Аянами шокирована смертью Аски, она как раз готовила что-то похожее на суп, чтобы пригласить всех на ужин.

Медицинский центр
   Мисато приходит в себя после взрыва на полигоне, у неё сломана рука, но в целом она почти не пострадала. Рицуко повезло больше.

Геофронт
   Синдзи спускается в Геофронт, уничтожая технику и защитные системы и требует ответа от отца за смерть Аски. Но Гендро просто повышает давление ЛСЛ. Ему больше не нужен Синдзи, у него есть система Dummy plug.
   
   Гендо принимает решение поднять давление LCL в кабине Синдзи.

Синдзи в коме
   Ему видится Рей в поезде. Которая говорит, что ему не обязательно сражаться, она постарается его защитить.

Реанимация
   Синдзи приходит в себя, но его сразу заковывают в наручники. Его доводы, что Аска была его другом на Гендо не влияют, Синдзи отстранён от работы в Нерв и ему приказано вернуться домой.

Дома у Мисато.
   Вещи Аски по-прежнему лежат, напоминая о человеке, которого больше нет рядом с ними. Синдзи пакует небольшую сумку, а своей плеер выбрасывает в урну. Синдзи больше не бегает от реальности, закрываясь от мира наушниками. Он уходит, потому что больше не хочет пилотировать Еву. Мисато пытается его остановить, в сцене явственно звучит намек, что она была готова с ним переспать, чтобы как-то подбодрить после утраты Аски. Но Синдзи уходт.

Метро
   Синдзи садится на поезд из Токио-3

Окраины Токио-3
   Зеруел пребывает во всей своей красе, нанося сокрушительные удары по городу. Синдзи укрывается в убежище.
   За несколько секунд город на поверхности почти полностью разрушен. Ева-01 отвергает Dummy Plug, Ева-00 серьёзно повреждена. Ева-2 без пилота. Ангел прорывается в Геофронт. Кто-то запускает Еву-2 против Зеруела, запуск не авторизован, Мисато даже не может предположить кто пилот.
   Им оказывается Мари, обстреляв Зеруела из винтовки и гранатомёта. Мари понимает, что Ангела так не одолеть. Ева-02 серьёзно повреждена.

   Штурмовая винтовка с пустым магазином летит в грязь.

   Мари достает гранатомёт из контейнера.

   Фирменный удар шипами второго юнита мало что может сделать против АТ поля Зеруела.

   Зеруел отбрасывает Евангелион-02

Тогда Мари включает режим зверя, сбросив ограничивающие стержни, несмотря на то, что это наносит необратимые повреждения ей самой. С распадающимся телом, с безумной улыбкой Мари бросается на Зеруела, но даже так ей не удается пробить АТ поле. Зеруел сносит второму Юниту половину головы. В геофронт поднимается Рей в Нулевом юните с мощной бомбой N2. И плеером Синдзи, зажатом в руках. Ведь теперь только Рей может защитить Cиндзи. Она пытается пробиться к Ангелу через АТ поле. Но он слишком силен и тогда искалеченная умирающая Мари в Еве-2 подползает и зубами начинает сдирать куски АТ поля c Зеруела. В последний момент Рей пробивает защиту Ангела, но ему удаётся закрыть Ядро. За долю секунды до взрыва Рей отбрасывает изувеченную Еву-02 с Мари в сторону. Врыв, разрушает большую часть Геофронта, но Зеруел по-прежнему невредим. Разбитая Ева-02 пробивает убежище, где находится Синдзи и показывает ему последние секунды Юнита-00. Зеруел пожирает беспомощный юнит вместе с Рей. При этом его тело меняется. Он полностью становится похож на Лилит из End of Evangelion за исключением головы. Голову нулевого юнита Зеруел выплевывает.

Штаб-квартира Нерв
   Гендо отчаянно пытается запустить Dummy Plug, но тщетно. Зеруел, которого не могут остановить обычные системы обороны, беспрепятственно спускается в Нерв. Благодаря плоти Рей, система безопасности, которая должна ликвидировать центральную догму с Лилит в случае проникновения Ангела, не срабатывает. Синди садится в Евангелион и уже в центральном командном центре вступает в бой.

   Раненая Ева ревёт в ярости.

Но силы неравны. Синдзи не хватает каких то секунд, чтобы сокрушить ядро ангела, как Ева отключается. Зеруел отбрасывает Юнит-01 и собирается продолжить спуск в догму, как Ева реактивируется.
   

   Не сама по себе, благодаря отчаянной воле Синдзи спасти Рей. Он сокрушает Ангела, но не разрушает Ядро. Он тянется сквозь ядро, чтобы вернуть Рей, постепенно теряя человеческий облик. С Синдзи облазит кожа, потом начинают распадаться мышцы, но он всё равно тянется и, наконец, вбирает Ангела в себя. В кабине Евы-01 обнажённая Рей обнимает Синдзи. Они оба замерли в поцелуе. Синхронизация достигает Пика. Над Евой-01 вспыхивает Нимб и распахиваются крылья, Ева превращается в существо из света, в котором явственно видны два Ядра. Одно из них Синдзи, а второе Рей. Начинается третий удар.

Титры
   …
   …
   …
   …
   Прежде, чем Ева-01 в облике Ангела возносится над Геофронтом, а анти-АТ поле превращает всех вокруг в ЛСЛ, Копьё Лонгиния пронзает Еву-01 сверху, пригвождая её к земле. И процесс обрывается. Модуль гаснет, с небес спускается Каору в Еве-06. В кабине Евы он загадочно говорит самому себе: "Может быть, я смогу сделать тебя счастливым, Синдзи".

Смотрите в следующей серии.
   Прибытие Евы-08. Вы узнаете, что стало с Мари? Мы видим Рицуко с пистолетом и множество Клонов Рей забившихся в углу. И в последнем кадре появляется Аска, живая и невредимая, в костюме Евы-02, только с латкой на левом глазу.